مهام ذاتية المجلس:
1- استلام الكتب التحريرية والمخاطبات الخاصة بمجلس العتبات المطهرة في كربلاء المقدسة من الإدارات أعلاه ورفعها إلى عضوي المجلس بعد تهميشها.
2- استلام الكتب التحريرية والتعليمات والتوجيهات والقرارات الصادرة من عضوي المجلس وتبليغها إلى الجهة المعنية من الإدارات أعلاه مع متابعة تطبيقها، وحل محل هذا التشكيل بعد تطبيق القانون الجديد مكتب الأمين العام في كل عتبة، وفي العتبة الحسينية المقدسة يقوم مقام ذاتية المجلس، لكنه لا يقوم بنفس العمل السابق إلا في الأمور المشتركة بين العتبتين المحتاجة لتوحيد القرار كالأمن والإعلام وإدارة منطقة بين الحرمين وامور أخرى، كونه جهة منسقة مع العتبة العباسية المقدسة، وأصبحت إدارة بين الحرمين تابعة كقسم للعتبة الحسينية المقدسة، وبعض المواقع المشتركة فيها تم تنسيق إدارتها بين العتبتين.
وفيما يلي تشكيلات العتبة الحسينية المقدسة وهي أقسام منبثقة عن اللجنة العليا المذكورة، بعد سقوط نظام الطاغية، و هي تشكيلات تعني المديرية أو الدائرة وليس المعنى المتعارف، حيث تغير اسمها إلى قسم بعد تطبيق قانون العتبات الجديد، بعد أن كان يسمى لجنة، ويتم تسيير كثير من أعمال الأقسام التابعة للعتبتين المقدستين، بالحاسوب وبأنظمة الإدارة الحديثة.